[アニメ]アンドロメダストーリーズ

アンドロメダ星雲の片隅に位置する惑星アストゥリアス。コスモラリア王家の皇太子イタカは王に即位してアストラルタ3世となると同時に、アヨドーヤ王家のリリア姫と結婚式を挙げた。数日後、惑星に流星が降り、無数のコウモリが王宮に入り込むと、宮殿内の人々の心が変化していく。それはイタカにも及び、残虐な言動を見せ始める。王宮は機械を生む工場に変貌し、機械のクモが大臣の体に入って心身を支配していく。そんな中でリリアは妊娠、出産するが、生まれたのは不吉だとされる双子であった。1人は剣闘士のバルガに託され、機械に追われるバルガは赤ん坊を娼婦に預けた。
イタカは都を機械都市へと変え、国中が荒れていった。アヨドーヤの王子ミランが、妹リリアを案じて迎えに来ると、機械がミランを攻撃してくるが、リリアの息子の王子ジムサが不思議な力を発揮して抵抗し、さらに現れた女剣士イルの助けで無事に逃げることができた。イルは機械と戦うために来た、惑星ロドリアンでつくられたサイボーグであった。
リリアとジムサを追う機械。港から避難船に乗ったもののミランが殺される。脱出した先のアヨドーヤも機械の支配を受けつつあり、ミランにそっくりな機械が難民を攻撃している。ジムサの不思議な力が、居合わせたロブの心を捕らえ、彼の助けでジムサとリリアは砂漠へ脱出できた。ロブはその後も2人の避難生活をサポートし、約10年が経過した。
かつて機械に破壊された惑星ミュラトの子孫を率いる老師が王に迎えようとジムサの前に現れるが、ジムサは老師を拒んだ。数日後、ジムサが捕らえた獲物を市場に行くと、彼は気付かなかったがその顔をじっと見つめる少年がいる。イタカの命で2人を追ってきた者たちにリリアが襲われ、ジムサが戦うが負傷し、老師と部下達に助けられた。ジムサはリリアが王妃として尊敬される様子を見、彼自身も部下達から太陽王と呼ばれる。老師はミュラトの血がアヨドーヤ王家に流れており、最も濃い血をジムサが持っていると告げる。
アストゥリアスの各地にある機械との戦いのための基地へ、老師はジムサを伴って向かうが、どの基地も機械に破壊されていた。攻撃されたジムサがロボットのベスに助けられた。ベスは1万年前に他の惑星から来たが宇宙船の事故で移動できなかった。その相棒のアンドロイド・アークをジムサが修理すると、2人はジムサを主人だと認めた。ジムサはこの2人を連れ、母とともに老師の元を去る。
市場でジムサを見とがめた少年アフルは、盗賊の長と娼婦の間の息子であったが、彼が汚れた顔を洗うとジムサそっくりの顔が現れた。実は彼――彼女こそ、バルガが預かり娼婦に託した、リリアの双子の赤ん坊の片割れだった。盗賊が機械の襲撃を受けた際、占い師に化けていたイルが助けに入り、自身の正体を表した。老師に従っていたバルガがかつて自分が預かった赤ん坊を思い出すと、老師はテレパスの力でバルガの心を読み、ジムサの兄弟アフルの存在を知る。
アランシャンへ出向いたジムサとリリアは、機械化された都市の宮殿内でイタカに会う。人間たちはその肉体と精神を分けられ、肉体はカプセルで保管され、精神だけが幸せな世界で以前のように生活をしていた。さらにミランも現れるが、彼は自分を支配する力に反抗しつつジムサに警告を与える。母はイタカの元に行きたがるがジムサが断り、王宮を脱出するものの、盗賊たちに捕まった。その一行にいたイル、アフル。イルから自分達が双子と教えられたジムサは、このことをアフルに言わないよう頼んだ。老師が王子としてアフルを迎えるべく現れ、娼婦の母は喜んでアフルを渡した。アフルが実は女性であると老師は知りつつも彼女を王子と呼んだ。アフルはジムサが兄、リリアが本当の母と教えられる。老師に連れて行かれたアフルをジムサとリリアが追う。
機械からの攻撃によって人間達の反撃基地が次々に破壊される。老師はマザーマシンの破壊のためにジムサにも協力させたかった。アフルは老師に隠れてジムサに会うが、ジムサは老師からアフルを取り戻したかった。彼は妹を愛し始めていた。そんな中、現れたイタカに誘われるままリリアが去っていった。ジムサが機械の攻撃からアフルを庇って重傷を負うと、彼の不思議な力がアフルの骨折の痛みを自身に引き受けた。アフルはイル、老師とともにジムサの元を訪れ、自分のために命を危険にしているジムサの苦しみを引き受けた。彼女は自分が兄を愛しているのを自覚した。 リリアがジムサを迎えに来るがアフルは渡すことを拒んだ。そしてジムサとアフルは結ばれた。機械には兄妹間のこの感情が理解できず、2人を引き込むことを断念した。
老師は理想郷をつくるべくマザーマシンを作り、邪魔する存在を抹殺するようプログラムしたのを悔いていた。自分のために多くの惑星が機械化され、反撃した惑星は滅びたのだ。今や地表の9割が機械化され、人間たちは1割程度の自然の土地で機械と戦いつつ暮らすようになっていた。老師は宇宙空間にあった自分の巨大な宇宙船をこの惑星に衝突させて惑星ごとマザーマシンを破壊することを決意する。人々を惑星から脱出させるためにイルはアークの宇宙船を使おうと考えるが、船内の人間は航行速度に耐えられず死ぬという。それでもイルはジムサとアフルを船に乗せ、人々と機械との最終決戦の場へ戻っていった。
反乱する人間を全滅させたと判断したマザーマシンは、カプセルで眠らせた住民たちを残して次の惑星へ向かおうとしていたが、老師の宇宙船が惑星に衝突し、大爆発の中に消える。ジムサとアフルはアークたちの故郷の惑星へ向かうこととし、カプセルの中で抱き合いながら冷凍冬眠に入る。2000年後に到着したソル太陽系・第5惑星グローヴは、機械に支配されたため自爆し小惑星帯となっていた。宇宙船は第3惑星に着陸し、アークらがジムサとアフルに呼びかけるものの、2人が目覚めることはなかった。宇宙船は海底に沈み、アークらも朽ちていったが、ジムサとアフルの体は新しい生命の源となった。現れた原始生物、魚類、植物、恐竜、そして…。
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