時は､西暦2015年｡15年前に南極で起こった大災害･ｾｶﾝﾄﾞｲﾝﾊﾟｸﾄにより総人口の半数近くを失った人類は､使徒と呼称される新たな脅威に見舞われていた｡
国連直属の非公開組織である特務機関NERV(ﾈﾙﾌ)は､襲来する使徒に対抗､殲滅するため､汎用人型決戦兵器 人造人間ｴｳﾞｧﾝｹﾞﾘｵﾝ (EVA) を極秘に開発する｡そのﾊﾟｲﾛｯﾄに選ばれたのは､14歳の少年･少女であった｡
主人公である少年｢碇ｼﾝｼﾞ｣は､｢幼少時のﾄﾗｳﾏ｣と｢父親との疎遠な関係｣から､他人と接触を好まない内向的な少年であるが､ﾈﾙﾌの総司令である父親ｹﾞﾝﾄﾞｳによって､EVA初号機のﾊﾟｲﾛｯﾄとして突如選任される｡ｼﾝｼﾞをはじめとする EVA のﾊﾟｲﾛｯﾄたちは､世界の命運を託され､命をかけて戦う過酷な状況に追い込まれ､傷ついていく｡
ｾｶﾝﾄﾞｲﾝﾊﾟｸﾄの真相､襲来する使徒の正体､そして秘密裏に進められる｢人類補完計画｣の全貌｡多くの謎が絡み合い､主人公であるｼﾝｼﾞの挫折と成長を追いながら､物語は進んでいく｡
※ このあらすじ部分にはWikipediaを参考/または引用した部分があり､GFDLのﾗｲﾝｽが適用されます｡
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